നിലവിൽ ന്യൂനപക്ഷ സ്ഥാപനങ്ങൾക്ക് ഭരണഘടന അനുവദിക്കുന്ന പ്രത്യേക സംവരണക്രമം അനുസരിച്ച് 20 ശതമാനം മൈനോറിറ്റി ക്വോട്ടയും 20 ശതമാനം മാനേജ്മെന്റ് ക്വോട്ടയും ലഭിക്കും. സർവകലാശാല രീതിയിലേക്ക് മാറുമ്പോൾ സാധാരണ പ്രവേശനത്തിലെ സംവരണക്രമം പാലിക്കണം. ഇത് ന്യൂനപക്ഷ വിഭാഗങ്ങൾക്ക് കനത്ത സംവരണ നഷ്ടത്തിനിടയാക്കും.
ഗവേഷകർ കോളജിലെ വിദ്യാർഥികളല്ലെന്നും ഗവേഷണ കേന്ദ്രങ്ങൾ സർവകലാശാലയുടെ നേരിട്ടുള്ള നിയന്ത്രണത്തിലാണെന്നും കോളജുകളിലെ അഡ്മിഷൻ പാലിക്കുന്ന സംവരണക്രമം പിഎച്ച്.ഡി പ്രവേശനത്തിന് ബാധകമല്ലെന്നുമാണ് യൂനിവേഴ്സിറ്റി വാദം. ഇതിനെതിരെ ക്രിസ്ത്യൻ, മുസ്ലിം മാനേജ്മെന്റുകളിൽനിന്ന് വ്യാപക പ്രതിഷേധം ഉയർന്നിട്ടുണ്ട്.
ഗവേഷകർക്ക് വേണ്ട ലാബ്, മറ്റു ഭൗതിക സാഹചര്യങ്ങൾ എല്ലാം ഒരുക്കുന്നത് മാനേജ്മെന്റുകളാണെന്നിരിക്കെ ഗവേഷണ കേന്ദ്രങ്ങൾ സർവകലാശാലകളുടെ നിയന്ത്രണത്തിലാണെന്നും ഗവേഷകർ കോളജിലെ വിദ്യാർഥികളല്ലെന്നുമുള്ള വാദം അംഗീകരിക്കാൻ കഴിയില്ലെന്ന് മാനേജ്മെന്റ് പ്രതിനിധികൾ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. കോളജ് യൂനിയൻ തെരഞ്ഞെടുപ്പുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കേസിൽ ഗവേഷകരെ കോളജ് സ്റ്റുഡന്റ്സ് യൂനിയനിൽ ഉൾപ്പെടുത്തി കോടതി വിധിച്ചിരുന്നു. അടുത്ത കോളജ് യൂനിയൻ തെരഞ്ഞെടുപ്പിൽ ഗവേഷണ കേന്ദ്രത്തിലെ വിദ്യാർഥികൾ അതത് കോളജുകളിൽതന്നെ മത്സരിക്കണമെന്നും വോട്ട് ചെയ്യണമെന്നും നിയമപരിഷ്കാരത്തിൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുമുണ്ട്. ഈ പശ്ചാത്തലത്തിൽ സർവകലാശാലയുടെ വാദം നിലനിൽക്കില്ലെന്നും വിദഗ്ധർ പറയുന്നു. പിഎച്ച്.ഡി പ്രവേശനത്തിന് പിന്നാലെ ന്യൂനപക്ഷ കോളജുകളിലെ ബിരുദ ബിരുദാനന്തര പ്രോഗ്രാമുകൾക്കുള്ള സംവരണ ആനുകൂല്യങ്ങളും ഘട്ടംഘട്ടമായി പിൻവലിക്കാനാണ് യൂനിവേഴ്സിറ്റി നീക്കമെന്നും ആക്ഷേപമുണ്ട്.